國有獨資公司注冊相比其他公司注冊程序方面有所不同，相對比較復雜。公司注冊后如何建立健全的治理結構，這個問題是非常重要的，他會影響這整個公司的運營。國有獨資在社會市場經濟中起著無可替代的重要的作用，但在現實運行中治理結構存在著許多不可忽視的問題，所以公司注冊成立過程中就要想好如何建立和完善以國資委、董事會、監事會、總經理為核心的公司法人治理結構。

　　一、股東會的職權由三個機構分享：

　　股東會職權的"分權制"由于只有一個股東，注冊國有獨資公司不設股東會，相當于普通有限公司的股東會的職權由三個機構分享(《公司法》第66條)。

　　(1)一般由國資委行使。

　　(2)董事會基于國資委的授權可以行使部分職權，但涉及公司合并、分立、解散、增減資本和發行公司債券等重大事項的，必須由國資委決定，不得授權。

　　(3)重要的國有獨資公司(由國務院確定)合并、分立、解散、申請破產的，由國資委審核后報本級人民政府批準。

　　另依《公司法》第65條，國有獨資公司章程由國資委制定，或由董事會制定并報國資委批準。

　　二、董事會在不設股東會的前提下，公司治理的核心就是董事會：

　　《公司法》第67條規定。董事會為必設機構，每屆任期不超過3年，在董事人數與任期等方面與普通有限公司注冊并無不同，其特殊性在于:

　　(1)委派董事與職工代表董事。董事會由委派董事和職工代表董事組成，職工代表董事由公司職工代表大會選舉產生，沒有比例要求。職工代表董事以外的董事由國資委委派，稱為委派董事。董事長、副董事長由國資委從董事會成員中指定。

　　(2)更大的職權。董事會擁有比普通有限公司董事會更大的權力，除了可以行使后者的全部職權外，還根據國資委的授權"行使股東會的部分職權，決定公司的重大事項"。

　　(3)嚴格限制兼職。《公司法》第69條規定:董事長、副董事長、董事、高級管理人員未經國資委同意，不得在其他公司或者其他經濟組織兼職。這一規定與管理層的競業禁止義務并不相同，之所以嚴格限制國有獨資公司管理層兼職，旨在防止因管理層兼職而疏于對公司注冊后的管理，并因此而造成國有資產流失。

　　三、相對于普通有限公司的監事會，國有獨資公司的監事會的特殊性在于:

　　監事會《公司法》第70條規定，監事會是必設機構，主要職責是維護公司與國家的利益，防止國有資產流失。

　　(1)組成及其產生。監事會成員不得少于5人，除了不低于1/3的職工代表監事外，其余成員由國資委委派，監事會主席由國資委從監事會成員中直接嚴宀是由國資委派出的，故稱為"外派監事"。

　　(2)職權。《公司法》第70條第3款規定了兩部分職權:一是普通有限公司注冊的監事會部分職權一《公司法》第53條規定的監事會職權共為7項，國有獨資公司這側的監事會可以行使其中前三項;二是國務院規定的其他職權。

　　四、國有獨資公司注冊的經理的特殊性在于:

　　(1)必設機構。《公司法》第68條規定，國有獨資公司設經理，系強制性規范; 司法》第49條，普通有限公司"可以"設經理，為任意性規范。

　　(2)嚴格限制兼職。董事會成員兼任經理的，須經國資委同意;在普通有限公司注冊后， 可以決定董事兼任經理。另外，國有獨資公司注冊后的法定代表人是由董事長還是由經理擔杠， 決于國資委。