在目前各地的實踐中，工商局大多強制推廣使用指定的公司章程模已簡單、生硬、粗暴地越權替股東方去決定哪些商業安排可以被寫進公司章程，哪些不能。新法精髓在于賦予公司股東更多的自治權利。為了調整雙方的權利義務關系，創業投資模式通常會有獨特的制度安排，比如，投資人對公司重大事項的一票否決權，防止公司通過發新股將投資人的股權攤薄。出于行政權力的傲慢和慣性，工商登記部門往往習慣性拒絕把雙方自愿約定的制度安排寫進公司章程，人為增加投資者和創業者的商業風險，為了讓真實的商業安排得到執行，不少投資者都會采用各種變通規避方法，出現陰陽章程、陰陽股東合作協議的現象。
一、上海注冊公司新法出臺增加股東之間的合作風險：
在目前各地的實踐中，工商局大多強制推廣使用指定的公司章程模已簡單、生硬、粗暴地越權替股東方去決定哪些商業安排可以被寫進公司章程，哪些不能。如此強硬的行政干預，實質壓縮了股東之間的合作空間，變相增加了股東之間的合作風險。
二、上海注冊公司新法出臺對投資者造成的損害：
新法精髓在于賦予公司股東更多的自治權利。以創業者與投資人關條為例，在創業的不同階段，創業者與投資人在出資方式與出資數額、出資進度與對公司的控制力方面并不對等。為了調整雙方的權利義務關系，創業投資模式通常會有獨特的制度安排，比如，投資人對公司重大事項的一票否決權，防止公司通過發新股將投資人的股權攤??；創票的兌現與離職時的股票回購制度，防止創始股東在創業初期就?？蠢矙嚯x職對投資者造成的損害。這些制度安排都有其正常合理的商業考慮，也通常被交易方所接受。
三、上海注冊公司新法出臺加大了各方交易成本:
但是，出于行政權力的傲慢和慣性，工商登記部門往往習慣性拒絕把雙方自愿約定的制度安排寫進公司章程，人為增加投資者和創業者的商業風險，為了讓真實的商業安排得到執行，不少投資者都會采用各種變通規避方法，出現“陰陽章程”、“陰陽股東合作協議”的現象。行政審批，卻無形中加大了各方交易成本，也導致日后的潛在風險。
四、上海注冊公司新法出臺期待進一步明確：
因此，我們期待國家進一步明確，工商局對公司章程只做形式審查，不審查實質性內容，只要公司章程內容不違反國家強制性的法，法律規定，工商登記機關就應該給予登記。
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