為了使全國進出口許可證聯網核銷試運行工作順利進行，外經貿部與海關總署于1998年簽訂了“許可證電子數據聯網核銷協議”。經過一年的技術準備和試驗，雙方從1999年9月1日開始在13個口岸海關試行進出口許可證聯網核銷制度試點工作，并取得明顯效果：顯著提高了海關驗證效率，縮短了企業報關時間，規范了許可證簽發管理，同時有效打擊了不法分子偽造許可證走私、套匯等不法活動，維護了正常的進出口經營秩序。為進一步加強對進出口配額許可證商品的管理，依法行政，推進外貿管理電子化、信息化進程，現決定從2000年10月1日起，在全國許可證發證機構和各海關全面試行進出口許可證聯網核銷制度。現將有關事項通知如下：

　　一、對配額許可證管理的商品（紡織品配額出口許可證除外）， 各口岸海關將許可證紙面證書與許可證電子數據同時作為監管依據，口岸海關在確認許可證紙面證書與電子數據內容一致后方可進行核銷及驗放。

　　二、為保障各進出口企業及時辦理報關手續，外經貿部、海關總署各有關部門必須及時傳送和接收許可證電子數據。各現場海關每日務必及時接收海關總署下發的許可證電子數據，同時每日務必及時將許可證核銷（放行）數據經海關總署傳送外經貿部。

　　三、各發證機構要嚴格《進口許可證申領簽發工作規范》

　　（[1999]外經貿配發第759號）和《出口許可證申領簽發工作規范》

　　（[1999]外經貿配發第743號），按照文件規定簽發許可證。進出口

　　許可證紙面證書內容均為計算機打印，不得更改。

　　四、各發證機構要嚴格執行上報許可證數據的規定。每日務必及時將當日簽發的許可證電子數據全部上報中國國際中心（以下簡稱EDI中心）。急證要隨時上報，并電話通知EDI中心隨時傳送海關。每日務必審核EDI中心反饋的上報數據接收情況，并與上報數據進行核對。發現EDI中心反饋信息與上報數據不符的應立即與EDI中心和外經貿部配額許可證事務局聯系。凡是不及時上報或核對許可證電子數據，影響企業報關，并產生經濟損失的，外經貿部將追究有關發證機構的責任。

　　五、口岸海關應嚴格按照《許可證電子數據核銷管理操作規程》（署監[1998]327號）的規定，重點對許可證中“進（出）口商”、“商品名稱（含代碼）”、“數量”、“國別”、“貿易方式”、“有效期”、“報關口岸”進行核查。在許可證以上項目內容與電子數據一致無誤的情況下方可放行。

　　六、海關應在許可證正本背面規定的簽注欄內對每次核銷（放行）數量做清晰、準確的簽注并加蓋海關核銷章。簽注數量應與反饋的核銷（放行）數量的電子數據相一致，核銷（放行）時使用的計量單位應與許可證使用的計量單位相一致。如海關簽注后因故退關或簽注發生更改，海關應在簽注欄注明并在更改處加蓋海關核銷章，同時應對電子數據作相應修改。

　　七、在目前各發證機構還無法通過網絡核查海關核銷（放行）數量的電子數據的情況下，各發證機構在辦理退證時，以口岸海關在許可證紙面證書背面簽注欄內所記錄的核銷（放行）數量為憑證。凡簽住不清或未加蓋海關核銷章及有其它疑問的不得辦理退、換證，應與外經貿部配額許可證事務局聯系。

　　八、驗核進出口許可證與填報內容時，對經營單位及貿易方式欄目的審核按以下原則掌握：

　　（一）進口貨物報關單經營單位應與進口許可證上的進口商或收貨人一致。

　　（二）出口貨物報關單經營單位應與出口許可證上的出口商或發貨人一致。對還貸或補償貿易方式下的出口企業，代理外資企業出口的外貿企業，國家組織統一聯合經營的商品玉米、大米、大豆、棉花、原油、成品油、煤炭、鎢類、銻類的出口企業，報關單填報的經營單位也可以是許可證備注欄內注明的企業。